Pada Mei 2009, Al-Islam telah mencetuskan kontroversi apabila menerbitkan satu artikel bertajuk "Tinjauan Al Islam Dalam Gereja : mencari kesahihan remaja melayu murtad". Penerbitan artikel seumpama itu sudah semestinya akan menyinggung perasaan rakyat yang beragama kristian apatah lagi kristian katolik kerana dua orang wartawan majalah tersebut telah bertindak menyelinap masuk gereja katolik lalu menulis cerita yang tidak benar.
Namun PERMOHONAN MAAF telah dibuat oleh penerbitnya melalui laman sesawang utusan karya pada 6 mac 2010. Menurut permohonan maaf tersebut, mereka tidak berniat untuk menghina dan menceroboh rumah ibadat orang kristian. Al Islam juga berharap kejadian seumpama itu tidak akan berulang lagi.
Selain itu, permohonan maaf yang sama juga akan turut diterbitkan pada keluaran Al Islam April 2010.
Beberapa pihak cuba untuk mengeruhkan lagi keadaan dengan berpakat untuk mengadakan demonstrasi namun tidak direstui oleh kebanyakan pertubuhan kristian yang lain.
P/s : bah.... kalau sudah minta maaf itu, bagus lah.... bukan apa tidak bagus kalau bermarah lama-lama....bukankah kita ini satu malaysia.... tapi itu la bah kalau suka ingat "kepentingan sendiri" saja.... nah kan sudah ada yg marah...len kali jangan ulang.... kalau ada yg murtad, kenapa kasih salah gereja? kenapa kasih salah kristian? patut pg kasih salah si tuan punya diri yg murtad itu.... kan???? faham2lah...sekadar pandangan.....